若葉鎮的健太培育神奇寶貝與人對戰和神奇寶貝一起變強，在這個世界是極為普通的男孩子。他與伙伴火暴獸們一同旅行。有一天，在他落腳的神奇寶貝中心，偶然與青梅竹馬的瑪莉娜再度見面。想彼此確認對方現在的實力，兩人展開了神奇寶貝對戰，但突然間足以震動大地的驚人雷聲轟下，天空佈滿了雷雲，閃電也打了下來…

恒古以前，黑暗之神与光神大规模交战。黑暗之神放出数条龙王。龙王，亦称dragon lord，逐渐变化成吞噬众神的魔兽。中立的神祇们逃往亚雷克拉斯特大陆的南方大地，舍弃神的肉体将不灭的灵魂封印于野兽中，变化为神兽王。神兽决定了结界与周期，留于与外界交界之处，建立起一个完全的世界。这个封闭的异界大地，名为“水晶国”。 “兽之牙”决定大举进攻贝尔迪亚，与巴尔巴斯决一死战。雷顿和碧萝忒丝来到巴尔巴斯面前，神王以强大的力量来诱惑雷顿，最后雷顿还是选择了与朋友们一起为正义而战！此时，碧萝忒丝将“混沌轮”掷向巴尔巴斯，唤醒了被压制的阿修拉姆，他的意志竭尽全力地反抗巴尔巴斯的控制。但在邪神的强大力量下，眼看雷顿他们将要被歼灭之时，阿修拉姆恳求碧萝忒丝杀了自己。忧伤的黑妖精几番踌躇，最后抽出阿修拉姆腰间的魔剑“碎魂”，含着泪刺向所爱之人……